2006年1月1日は一日がいつもより長い

原子時計で刻む１秒と天体の進行にはわずかな差があり、少しずつ差が広がっていくため、うるう秒によって調整されます。
日本では、8時59分59秒と9時00分00秒の間にうるう秒が挿入されるため、「8時59分60秒」という珍しい時刻がカウントされます。
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日本標準時グループ　うるう秒対応
http://jjy.nict.go.jp/news/leaps.html