最近は、ネットで神社の情報も多くなってきたので、まずはネットで調べてみるというパターンになってきましたが、ネットの情報というのは、どうしても表面的なものが多いため、深く調べようとすると、やはり書籍になります。
神社を調べる時に、メインの資料はやはり、「日本の神々 ―神社と聖地― （白水社）」です。一冊約５～６千円なので、全１３巻をそろえると、７万円くらいになります。
こちらの本は、概ね式内社を中心に掲載されており、掲載されている神社一覧は白水社のサイトにあります。
日本の神々 ―神社と聖地―
http://www.hakusuisha.co.jp/collection/kamigami.php
基本的には、民俗学的な方面からの記載になり、地域の民俗学（あるいは神学）などのジャンルの専門家が書いており、ネット上の情報とは一線を画しています。民俗学的な記述がメインなので、祭神について簡単にしか触れられていなかったりもしますが、神社についてより詳しい情報を得ようとしたとき、現在新刊で手に入る全国の神社の資料としては「日本の神々」が一番でしょう。
ちなみに、もっと詳しく知りたい場合は神社本庁で出していた（現在絶版らしい）神社名鑑などもありますが、これらは神社の住所・祭神・歴史などを簡単に記載しているだけなので、"日本の神々"ほど詳しい記述はありません。
他に、手元にあるお勧めの本としては、「日本の神仏の辞典」があります。こちらは神社のみならずお寺や北海道・沖縄など大和系以外の神々についても書かれていて一冊で日本の神仏を調べたい人にお勧めです。
日本の神々―神社と聖地― ［全13巻］谷川健一編 白水社
http://www.hakusuisha.co.jp/collection/kamigami.php
日本の神仏の辞典 大修館書店
http://plaza.taishukan.co.jp/shop/Product/Detail/10187
補足）
「延喜式」
延喜時代（927）に編纂されたもので、「延喜式」の神名帳には、二千八百六十一社の神社が掲げられている。「延喜式」に掲載された神社を「式内社」といい、国家が認めた神社として、格の高い神社と言われいている。
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